شوراي عالي مركز تأسيس 28 انديشكده را به تصويب رسانده است. عناوين اين انديشكدهها در سه حوزه مباني، اركان و عرصههاي زندگي به شرح ذيل است:
الف- مبانی:
1- اندیشکده مبانی
2- اندیشکده سنتهای الهی
3- اندیشکده فقه و حقوق اسلامی
ب- ارکان:
1- اندیشکده معنویت
2- اندیشکده فکر
3- اندیشکده علم
ج- عرصههاي زندگي
1- اندیشکده عدالت
2- اندیشکده قضا
حوزه اجتماع (نظام اجتماعی):
1- اندیشکده امور اجتماعي، جمعیت و نیروی انسانی
2- اندیشکده سلامت و تأمین اجتماعی
3- اندیشکده خانواده
4- اندیشکده مسجد
حوزه سیاست (نظام سیاسی):
1- اندیشکده سیاست
2- اندیشکده نظامسازی
3- اندیشکده دفاع و امنیت ملی
4- اندیشکده سیاست خارجی و دیپلماسی عمومی
حوزه اقتصاد (نظام اقتصادی):
1- اندیشکده اقتصاد
2- اندیشکده فضای کسبوکار
3- اندیشکده چرخه نوآوری
4- اندیشکده آمایش بنیادین
5- اندیشکده آب، محیط زیست، امنیت غذايی و منابع طبیعی
6- اندیشکده معماری، شهرسازی، مسکن و حملونقل
7- اندیشکده انرژی
حوزه فرهنگ (نظام فرهنگی):
1- اندیشکده فرهنگ
2- اندیشکده تربیت
3- اندیشکده اخلاق
4- اندیشکده رسانه و ارتباطات
5- اندیشکده مناسک عبادی